Методий изпълнява завета на брат си и малко след смъртта му се отправя за Великоморавия. Там е назначен от папа Адриан II за архиепископ (870 г.) на първата славянска епископия в Сирмиум, завладян от българите още през 827 г. Но много скоро е арестуван по нареждане на баварските епископи и без знанието на папата е хвърлен в тъмница, защото проповядва християнската вяра на славянски език. Срещу него е образуван съд под формата на епископски събор, като лично Лудвиг II Немски води заседанието.

Когато Методий се изправя пред обвинителите, Лудвиг иронично му подхвърля: „Май си изпотен“, а Учителят му отговаря с думите на Сократ: „Така е, защото се препирам с глупаци.“ След 3 години Методий е освободен от новия папа Йоан VIII и заедно с учениците си, продължава да превежда, пише книги и обучава духовници.